Algunos de los principales contaminantes del agua son: la materia orgánica, nutrientes (nitrógeno y fósforo) y microorganismos (coliformes), pero hay otros como los metales y los derivados de hidrocarburos que se presentan en áreas con actividad industrial. Los resultados de la evaluación de la calidad de agua en México, muestran que las cuencas que tienen ríos con mayor grados de contaminación son el Lerma, Alto Balsas, Río Colorado y Alto Pánuco.
Las cuencas más contaminadas son el Valle de México, Golfo Norte, Lerma - Santiago - Pacífico y algunos sitios de Golfo Centro.
