En el parque nacional Iztaccihuatl - Popocatépetl y el desierto de los Leones, la lluvia ácida ha afectado a la vegetación. Entre los efectos más notables están el daño y pérdida de hojas y ramás, un crecimiento lento de los árboles y una mayor vulnerabilidad a ataques de plagas y enfermedades. Sin embargo, en Europa este problema ha sido particularmente importante, ya que tan solo en los últimos años, miles de hectáreas de bosques se han perdido como consecuencia de la lluvia ácida.